21世纪前1/4叶，中国农业发展面临以下长远性重大问题：
1.农产品产量与品质共同提高问题；
2.食品营养与健康问题；
3.农业可持续发展的资源尤其是水资源短缺问题；
4.农业功能多样化以满足日益扩大的物质与精神需求问题；
5.城乡非等值化差别与农业可持续发展的环境问题；
6.传统农民终结及转化为“新型农民”问题。
这些问题与生命科学和生物技术的研究开发及其产业发展密切相关。这六大问题在当前中国的集中体现就是“三农”问题。
在即将到来的生物经济时代，农业将成为唯一与其他部门有着广泛联系并相互影响的一个综合部门。农业与“非农”产业的界线将更加模糊；乡村与城镇的边界也将淡化；农民作为一种职业的内涵也将发生深刻变化。从系统思想和生物经济时代角度来看，农业发展问题的本质是“非农”问题，即包括农业与“非农”产业、农村与城镇、农民与非农从业者在内的农与“非农”的地位与差别问题，归根结底是如何建立起农与“非农”相互转化、相互促进的发展理念与体制问题。
正如解决农业问题不能仅仅着眼于农业内部一样，解决“三农”问题，必须先有新的“非农”发展理念与思维方式。农业发展的严峻现实，要求必须采用超前的思路，找到一些非传统和非常规的方法。
生物经济时代的来临正好提供了农业发展“范式”转变的机会。